Geheimoperationen sind besondere Missionen, die vom Geheimbüro aus gestartet werden können. Wenn du Geheimoperationen abschließt, erhältst du Ressourcen und Erfahrung für den Kommandanten, der der Geheimoperation zugewiesen wurde. Denke daran, dass dein Defensiver Kommandant (J. Trasher) ebenfalls Erfahrung durch Geheimoperationen erhält.