Du musst Hinweise sammeln, um die Verdächtigen einzugrenzen. Diese Hinweise werden in der Kampagnen-Operation verwendet und du erhältst sie, indem du die Operation spielst! Du entdeckst sie, nachdem du in einer Stufe ein Rätsel gelöst hast, wie z. B. das Hacken eines Telefons oder das Knacken eines Safes, und Minispiele beendet hast, wie z. B. die Verfolgung eines V.I.L.E.-Agenten durch die Straßen. 
In den A.C.M.E.-Dateien haben die Personen, denen du begegnest, vielleicht Hinweise für dich. Sprich sie einfach immer wieder an oder versuche, dich umzuhören, um herauszufinden, ob jemand anderes weitere Informationen für dich hat. Gelegentlich stößt du auf Rätsel, die du lösen musst und die dir ebenfalls Hinweise geben können. 
Wenn du bereits die Liste der Verdächtigen eingegrenzt hast und immer noch unentschlossen bist, kannst du die Dossiers deiner Verdächtigen einsehen und dann „Aufklärung bestätigen“ durchführen, um zu überprüfen, ob ihr Alibi echt oder verdächtig ist.