Las operaciones encubiertas son un tipo especial de misión que comienzan en la agencia de operaciones. Si completas una operación encubierta, recibirás recursos y experiencia para el comandante asignado a dicha misión de operaciones encubiertas. Recuerda que tu comandante defensivo (J. Trasher) también recibirá experiencia por las operaciones encubiertas.