Les Opérations clandestines sont des missions spéciales pouvant être commencées dans le bâtiment Bureau secret. Terminer des Opérations clandestines vous permet de remporter des ressources et de l'expérience pour le commandant assigné à la mission Opérations clandestines. Souvenez-vous que votre commandant défensif (J. Trasher) reçoit également de l'expérience des Opérations clandestines.