Vous devez trouver des indices qui vous aideront à réduire le nombre de suspects. Ces indices sont utilisés dans les missions de campagne, et vous pouvez obtenir les indices qu'il vous faut en jouant à la mission ! Vous les découvrez en parcourant les niveaux, en résolvant des énigmes comme pirater un téléphone ou forcer un coffre, et en terminant des mini-jeux comme vous servir de votre grappin dans les rues pour tenter d'attraper un agent de VILE. 
Si vous êtes dans les Dossiers de l'ACME, les personnes que vous croisez pourraient avoir des indices pour vous. Continuez de leur parler ou essayez de poser des questions aux alentours pour voir si une autre personne aurait d'autres informations pour vous. À l'occasion, vous tomberez également sur des énigmes à résoudre qui vous donneront des indices. 
Si vous avez déjà réduit le nombre de suspects et n'avez toujours pas fait votre choix, vous pouvez consulter les dossiers des suspects puis "Confirmer la reconnaissance" pour décider si leur alibi tient la route ou pas.