秘密作戦とは、秘密情報局が管理する特別なミッションのことです。秘密作戦を完了すると資源を入手でき、秘密作戦を行った司令官はEXPを獲得します。また、防衛司令官（J.トラッシャー）も秘密作戦によりEXPを獲得します。