Caixas agem como obstáculos parados no tabuleiro. Estourar uma bolha ao lado de uma Caixa ou acertá-la com um acessório faz com que ela quebre e desapareça. Algumas Caixas são muito resistentes e você terá que acertá-las mais de uma vez para quebrá-las. Só é possível quebrar uma Caixa de determinada cor com bolhas da mesma cor que ela ou com acessórios.